Inflammatory Bowel Disease (IBD) adalah penyakit inflamasi kronik pada saluran pencernaan terutama usus halus dan usus besar. Salah satu faktor penyebab IBD adalah gangguan respon imun yang dapat dirangsang oleh adanya agen bakteri, virus dan xenobiotik. Salah satu penyebab gangguan respon imun dalam usus halus adalah indometasin yang termasuk dalam NSAID (non-steroidal anti-inflammatory drug). Indometasin dapat menstimulasi produksi ROS sehingga diperlukan antioksidan pada terapi IBD. Penelitian ini bertujuan untuk menjelaskan potensi ekstrak polifenol rumput laut coklat (Sargassum duplicatum Bory) dalam menurunkan kadar malondialdehid (MDA) dan aktivitas protease, memperbaiki ekspresi protein ZO-1 dan occludin serta memperbaiki kerusakan jaringan jejunum usus halus tikus yang dipapar indometasin. Penelitian ini dibagi menjadi dua tahap. Tahap pertama adalah ekstraksi senyawa polifenol rumput laut coklat, uji fitokimia, kromatografi lapis tipis (KLT) preparatif dan analisis senyawa ekstrak dengan spektrofotometri inframerah (IR). Tahap kedua adalah pengujian ekstrak polifenol rumput laut coklat (Sargassum duplicatum Bory) terhadap tikus IBD. Penelitian ini menggunakan hewan coba tikus putih (Rattus norvegicus) jantan galur wistar. Kelompok tikus sakit (IBD) diinduksi indometasin dengan dosis 15 mg/kg BB satu kali secara oral dan diinkubasi selama 7 hari. Tikus dinyatakan IBD setelah 24 jam pemaparan indometasin yang diketahui dari kerusakan mukosa (vili) jejunum usus halus berdasarkan pengamatan gambaran histologisnya. Tikus diterapi dengan ekstrak polifenol rumput laut coklat dengan dosis 100 mg/kg BB selama 7 hari berturut-turut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil uji fitokimia senyawa ekstrak rumput laut coklat (Sargassum duplicatum Bory) mengandung senyawa polifenol (flavonoid dan florotanin) dan alkaloid. Hasil KLT preparatif dan spektrum IR noda ekstrak yang terpisah menunjukkan adanya gugus O-H, ikatan C=C aromatik, C-H aromatik, C=C alkena, C-O dan C-H alifatik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat penurunan kadar MDA dan aktivitas protease berturut-turut sebesar 54,20% dan 44,09%. Selain itu, terdapat perbaikan ekspresi protein ZO-1 dan occludin serta perbaikan kerusakan jaringan jejunum usus halus tikus putih berdasarkan pengamatan histologis. Hasil analisis statistik kadar MDA dan aktivitas protease menunjukkan bahwa terdapat perbedaan sangat nyata antara tikus kontrol negatif, tikus sakit yang diinduksi indometasin (IBD) dan tikus yang diterapi ekstrak polifenol rumput laut coklat (Sargassum duplicatum Bory) (p<0,05).